Lo stesso sito ospitava anche la vecchia distilleria Clynelish, fondata nel 1819 da George Granville Levison-Gower, poi duca di Sutherland. Tuttavia, la vecchia distilleria ha funzionato solo per un breve periodo e poi ha chiuso i battenti.
L'attuale distilleria è di proprietà di United Distillers dal 1987 e fa parte del gruppo distillati Diageo dal 1998.
Il whisky Clynelish è molto popolare come single malt. L'acqua per questo viene ottenuta dal fiume Clynemilton Burn.